《南京大学学报》始终坚持正确的办刊方向，严格遵循学术规范，先后获得“国家期刊奖·提名奖”、“国家期刊奖·百种重点期刊”、“新中国60年有影响力的期刊”等国家级的奖项，以及首届“江苏省新闻出版政府奖”；首批入选“教育部高校哲学社会科学名刊工程”、“国家社科基金重点资助期刊”。
《南京大学学报》同时入选历年各版《中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊目录》（南京大学）、《中文核心期刊要目总览》（北京大学）和《中国人文社会科学核心期刊要览》（中国社科院）。
《南京大学学报》的总被引频次、影响因子以及在《新华文摘》、《中国社会科学文摘》、《高等学校文科学术文摘》的文摘率和《人大复印报刊资料》的转载率一直位居前列。
《南京大学学报》首倡著名高校学术期刊共同实现专业化、数字化转型和集约化、规模化发展，协同创办 “中国高校系列专业期刊”。该系列期刊已于2011年初创刊，在中国知网以开放获取方式为读者提供免费在线阅读和自由下载，得到了学术界一致好评和主管部门的充分肯定。凡在《南京大学学报》等联盟成员刊上发表的论文，均可在“中国高校系列专业期刊” 同步刊发，可得到最好的传播。
