《河海大学学报（自然科学版）》创办于1957年，双月刊，每逢单月25日出版，是以水资源开发、利用与保护为重点的综合性学术期刊。近年来已多次荣获“中国期刊方阵‘双效期刊’”、“中国高校精品科技期刊”、“全国水利系统期刊”和“江苏省期刊”等诸多奖项。
《河海大学学报（自然科学版）》主要刊登河海大学在水资源、水文、水利水电工程、水运工程、海洋及海岸工程、环境科学工程、水力学及河流动力学、水工结构、岩土工程、工程力学等学科的科研成果与学术论文，也刊登国内其他高校及研究机构相关学科具有较高学术水平的论文。主要栏目有水文水资源与环境、土木工程、水利水电工程、港口航道与海洋工程、机电与信息工程等。本刊的主要读者对象为与上述学科有关的科研人员、教学人员、工程技术人员以及相关专业研究生。
《河海大学学报（自然科学版）》聘请了海内外水科学与水技术领域的著名专家、中国工程院院士、中国科学院的院士担任本刊顾问或编委。本刊入编的数据库和文摘有：荷兰Scopus数据库、美国《剑桥科学文摘》（CSA）、美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、波兰《哥白尼索引》(IC)、中国科学引文数据库(核心库)（CSCD）、中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）、中国科技论文统计与分析数据库、中国学术期刊文摘、中国力学文摘、中国物理文摘、中国数学文摘、中国地理科学文摘、水路运输文摘等。获奖情况：全国高校自然科学学报二等奖；全国水利系统期刊；江苏省期刊；中国期刊方阵“双效期刊”；中国高校精品科技期刊；2012年第四届中国高校科技期刊奖；2013年首届江苏省新闻出版政府奖提名奖。
